2018年1月31日，由北京大学深圳研究生院与清华大学深圳研究生院合建的“省部共建肿瘤化学基因组学国家重点实验室”得到国家科技部批复正式建立。该实验室将围绕华南地区多发的鼻咽癌等肿瘤疾病中的关键科学问题，建立起基于化学基因组学为核心技术的综合性研究与开发体系的高端科技创新平台。该实验室也是深圳市第一家依托高校的国家重点实验室。
省部共建肿瘤化学基因组学国家重点实验室建设地点为深圳市大学城，建设主体为“广东省化学基因组学重点实验室”（北京大学深圳研究生院）和“广东省化学生物学重点实验室”（清华大学深圳研究生院）。清华大学深圳研究生院化学生物学实验室于2004年成为广东省重点实验室，北京大学深圳研究生院化学基因组学实验室于2007年成为广东省重点实验室。2010年，两家实验室共同成为省部共建国家重点实验室培育基地。2017年11月，省部共建肿瘤化学基因组学国家重点实验室建设运行实施方案通过专家论证会。2018年1月，省部共建肿瘤化学基因组学国家重点实验室正式获批。
省部共建肿瘤化学基因组学国家重点实验室以“肿瘤化学基因组学的前沿方法和技术”、“肿瘤致病机制及靶标和标志物”、“肿瘤药物先导化合物的发现与评价”为主要研究方向，将综合运用化学、生物学以及数理科学、计算机信息科学等其它相关学科的最新理论、方法和技术，开展化学基因组学相关的策略、理论、方法和技术创新，发展药物研究的新方法、新技术；在功能基因组研究的基础上，发现药物作用新靶标、新机制、新标志物；以鼻咽癌，肝癌，乳腺癌和肺癌为重点，针对肿瘤疾病中的关键科学问题，以富有我国特色的天然产物和化学合成药物为主要研究对象，寻找和发现防治该类癌症的新的药物先导化合物，并建立其药效验证体系。
实验室由北京大学深圳研究生院的杨震教授和清华大学深圳研究生院蒋宇扬教授为共同主任。该实验室的成立标志着深圳在基础研究方面有了国家队。今后北大深研院与清华深研院将充分发挥前沿领域、交叉学科的办学优势，共同为推动我国新药研究事业的创新跨越发展而不懈努力，不负国家赋予肿瘤化学基因组学省部共建国家重点实验室的重大历史使命。
